A gyűjtemény a Budapest vonatkozású középkori oklevelek fényképmásolatait, valamint a Magyar Nemzeti Levéltárban és más egyházi, illetve városi intézményekben található pecsétek másolatait foglalja magában.
Az oklevélmásolatok gyűjtését Csánki Dezső történész-levéltáros, akadémikus, a Magyar Országos Levéltár főlevéltárnoka 1911-ben javasolta a főváros vezetésének. Ennek eredményeként született meg 1936-ban Budapest Történetének Okleveles Emlékei című forráskiadvány első kötete, amelyet Gárdonyi Albert, a Fővárosi Levéltár vezetője állított össze a Csánki Dezső által összegyűjtött Budapest vonatkozású Árpád-kori oklevelekből (1148–1301).
A Csánki-féle gyűjtemény II. világháborús pusztulása miatt a Fővárosi Tanács 1954-ben Budapest Történetének megírásához, illetve a forráskiadás folytatásához a Budapestre vonatkozó középkori oklevelek új összeállítását rendelte el. Az elkészítésére létrehozott munkaközösség vezetésével Mályusz Elemér történészt bízta meg. A munkaközösség tagjai (Borsa Iván, Bónis György, Kumorovitz Lajos Bernát, Kubinyi András és Szakály Ferenc) korszakokra osztották egymás között az anyagot. Munkájuk azonban akadozott, a leírások nem teljes körűen és csak kéziratos formában maradtak fenn – egyedül a Zsigmond-kor anyagát feldolgozó Kumorovitz Lajos Bernát fejezte be saját kötetét az 1382–1439 közötti darabokról, amely 1987-ben jelent meg.
Az addig csak a forráskiadásokhoz használt, több mint 2000 darab Budapest vonatkozású oklevélfényképet 1988 és 1992 között Spekner Enikő rendezte Diplomatikai Fényképgyűjteménybe és készítette el nyilvántartását, amelynek segítségével a gyűjtemény ma már a középkori történészeknek és városkutatóknak is a rendelkezésére áll.
A Pecsétmásolati Gyűjtemény Kumorovitz Lajos Bernát akadémikus munkássága révén jött létre 1959 és 1967 között. A budai vár 1950-es években megkezdődő, a háborús romokat eltakarító és helyreállító feltárásai során merült fel az igény, hogy az előkerülő egyre több címeres emlék értelmezéséhez újra fel kell állítani a háborús pusztításokban megsemmisült középkori magyar pecséttani korpuszt. Ennek elkészíttetésére Gerevich László főigazgató a nemzetközi hírnevű, de akkor állástalan és akadémikus címétől megfosztott szerzetestanár-tudóst vette fel a múzeumba.
A gyűjtemény kialakítása a Magyar Nemzeti Levéltár Országos Levéltárának Diplomatikai Levéltára okleveleinek pecséttani szempontú szisztematikus felmérésével kezdődött. Ezen kívül egyházi (Pannonhalmi Főapátság Rendi Lt., Veszprémi Püspöki Lt., Szepesi káptalan lt.) és városi (Bécs város lt., Sopron város lt.) intézmények őrizetében lévő oklevelek pecsétjeiről tartalmaz nagyrészt gipszmásolatokat, illetve főleg az uralkodói pecsétekről műanyagmásolatokat is. Az elkészült másolatokat Kumorovitz L. Bernát leltározta be 1964 és 1967 között, kézírásos leltárkönyve ma is a 2200 darabból álló gyűjtemény alapleltára.